[Evolución de marcadores de laboratorio en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2.] / Laboratory markers evolution in patients with persistent detection of SARS-CoV-2.

OBJECTIVE: The study of the evolution of certain biomarkers in patients with persistent detection of SARS-CoV-2 could determine the profile of the pathology that these patients may suffer. The objective of this study was to describe the evolution of different laboratory markers in patients with persistent detection of SARS-CoV-2, and determining these parameters were into reference values. METHODS: Patients were divided into two groups: the control group (G0) included patients with a positive direct test for SARS-CoV-2 followed by 2 negative, while the problem group (G1) included patients with at least 3 consecutive positive tests. The time between consecutive samples was five to twenty days, and only patients with negative serology were included. Demographic data, comorbidities, symptoms, radiology and hospitalization were collected, as well as data from analytic and blood gases. The comparison between the study groups was realized using the t-student and U Mann-Whitney test for quantitative variables, and the χ2 test for qualitative variables. Results with p<0.05 were taken as significant. RESULTS: Ninety patients were included, thirty-eight in G0 and fifty-two in G1. D-dimer decreased 10.20 times more in G0 patients, and normal levels of this parameter at t1 were 1.46 times more frequent in these patients. The percentage of lymphocytes increased sixteen times more in G0, and the normal values in t1 were 10.40 times more common in these patients. C-reactive protein decreased significantly in both groups, and lactate increased more in G1 patients. CONCLUSIONS: The results of the study suggest that some biomarkers evolve differently in patients with persistent detection of SARS-CoV-2, which may have significant clinical impact. This information could help to determine the main organs or systems affected, allowing to anticipate socio-sanitary measures to prevent or compensate these alterations.

OBJETIVO: El estudio de la evolución de algunos biomarcadores en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2 permitiría determinar el perfil de las patologías que podrían padecer. El objetivo de este estudio fue describir la evolución de distintos marcadores de laboratorio en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2 y estudiar los cambios en la proporción de pacientes con valores considerados como normales. METODOS: Los pacientes se dividieron en dos grupos: el grupo control (G0) incluyó pacientes con una prueba de detección de infección activa positiva para SARS-CoV-2 seguida de dos negativas, mientras que el grupo problema (G1) incluyó pacientes con al menos tres pruebas positivas consecutivas. El tiempo entre muestras consecutivas fue de cinco a veinte días, y se incluyeron solamente pacientes con serología negativa. Se recogieron datos demográficos, comorbilidades, sintomatología, radiología y hospitalización, así como los datos de las analíticas y las gasometrías. La comparación entre los grupos de estudio se realizó mediante el test t-student y U Mann-Whitney para variables cuantitativas, y el test de χ2 para variables cualitativas. Se tomaron como significativos resultados con p<0,05. RESULTADOS: Se incluyeron noventa pacientes, treinta y ocho en G0 y cincuenta y dos en G1. El dímero D descendió 10,20 veces más en pacientes G0, y los niveles normales de este parámetro en t1 fueron 1,46 veces más frecuentes en estos pacientes. El porcentaje de linfocitos se elevó dieciséis veces más en G0, y los valores normales en t1 fueron 10,40 veces más habituales en estos pacientes. La proteína C reactiva descendió de manera importante en ambos grupos, y el lactato aumentó más en pacientes G1. CONCLUSIONES: Los resultados del estudio sugieren que algunos biomarcadores evolucionan de manera diferente en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2, lo que podría tener importantes repercusiones clínicas. Esta información podría ayudar a determinar los principales órganos o sistemas afectados, permitiendo anticipar medidas sociosanitarias para prevenir o compensar estas alteraciones.

Evolución de marcadores de laboratorio en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2 / Laboratory markers evolution in patients with persistent detection of SARS-CoV-2

Fundamentos: El estudio de la evolución de algunos biomarcadores en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2permitiría determinar el perfil de las patologías que podrían padecer. El objetivo de este estudio fue describir la evolución de distintosmarcadores de laboratorio en pacientes con detección persistente de SARS-CoV-2 y estudiar los cambios en la proporción de pacien-tes con valores considerados como normales.Métodos: Los pacientes se dividieron en dos grupos: el grupo control (G0) incluyó pacientes con una prueba de detección de infec-ción activa positiva para SARS-CoV-2 seguida de dos negativas, mientras que el grupo problema (G1) incluyó pacientes con al menos trespruebas positivas consecutivas. El tiempo entre muestras consecutivas fue de cinco a veinte días, y se incluyeron solamente pacientescon serología negativa. Se recogieron datos demográficos, comorbilidades, sintomatología, radiología y hospitalización, así como los da-tos de las analíticas y las gasometrías. La comparación entre los grupos de estudio se realizó mediante el test t-student y U Mann-Whitneypara variables cuantitativas, y el test de χ2 para variables cualitativas. Se tomaron como significativos resultados con p<0,05. Resultados: Se incluyeron noventa pacientes, treinta y ocho en G0 y cincuenta y dos en G1. El dímero D descendió 10,20 vecesmás en pacientes G0, y los niveles normales de este parámetro en t1 fueron 1,46 veces más frecuentes en estos pacientes. El porcenta-je de linfocitos se elevó dieciséis veces más en G0, y los valores normales en t1 fueron 10,40 veces más habituales en estos pacientes.La proteína C reactiva descendió de manera importante en ambos grupos, y el lactato aumentó más en pacientes G1.Conclusiones: Los resultados del estudio sugieren que algunos biomarcadores evolucionan de manera diferente en pacientes...(AU)

B:ackground: The study of the evolution of certain biomarkers in patients with persistent detection of SARS-CoV-2 could determinethe profile of the pathology that these patients may suffer. The objective of this study was to describe the evolution of different laboratorymarkers in patients with persistent detection of SARS-CoV-2, and determining these parameters were into reference values.Methods: Patients were divided into two groups: the control group (G0) included patients with a positive direct test for SARS-CoV-2followed by 2 negative, while the problem group (G1) included patients with at least 3 consecutive positive tests. The time betweenconsecutive samples was five to twenty days, and only patients with negative serology were included. Demographic data, comorbidities,symptoms, radiology and hospitalization were collected, as well as data from analytic and blood gases. The comparison between thestudy groups was realized using the t-student and U Mann-Whitney test for quantitative variables, and the χ2 test for qualitative variables.Results with p<0.05 were taken as significant.Results: Ninety patients were included, thirty-eight in G0 and fifty-two in G1. D-dimer decreased 10.20 times more in G0 patients,and normal levels of this parameter at t1 were 1.46 times more frequent in these patients. The percentage of lymphocytes increasedsixteen times more in G0, and the normal values in t1 were 10.40 times more common in these patients. C-reactive protein decreasedsignificantly in both groups, and lactate increased more in G1 patients.Conclusions: The results of the study suggest that some biomarkers evolve differently in patients with persistent detectionof SARS-CoV-2, which may have significant clinical impact. This information could help to determine the main organs or systemsaffected, allowing to anticipate socio-sanitary measures to prevent or compensate these alterations.(AU)

[Potential usefulness of CT as a marker of persistence of positive PCR in patients with COVID-19.] / Potencial utilidad del CT como marcador de persistencia de PCR positiva en pacientes con COVID-19.

OBJECTIVE: One of the problems associated to SARS-CoV-2 was its persistence in nasopharyngeal tract. The existence of markers that help to predict this situation could be useful to management of the patients. The objective of this paper was to determine the relationship between the CT value from the initial PCR of patients with COVID-19 and the persistence of the infection. METHODS: It was performed an observational retrospective study of patients with positive PCR to SARS-CoV-2 attended in emergency department of a general hospital. Data about compatible symptoms, radiological findings and the CT value obtained with each PCR kit were collected. The control group (G0) included patients with a positive PCR followed by two negative PCR results (P-N-N), while problem group (G1) included patients with at least three consecutive positive PCR results (P-P-P). Chronic infections were discarded selecting only patients with negative serology, and only were included those whose PCR were separated by a minimum of five and maximum of twenty days. The comparison between the study groups was carried out using the t-student test for quantitative variables and the χ2 test for qualitative variables. RESULTS: The mean CT value were 30.8 and 21.5 (p<0.001) on G0 and G1, respectively. G0 reported higher CT values than G1, regardless of symptoms, radiological pattern and the PCR kit utilized. CONCLUSIONS: The CT value from the SARS-CoV-2 initial PCR is related to the persistence of its positivity, regardless of the patient´s symptoms or radiological pattern. Thus, low CT values could be related to persistent infections.

OBJETIVO: Uno de los problemas asociados al SARS-CoV-2 es su persistencia en el tracto nasofaríngeo. La existencia de marcadores que ayuden a predecir este fenómeno podría ser útil en el manejo del paciente. El objetivo de este trabajo fue determinar la relación entre el valor CT (umbral de ciclo) de la PCR inicial de pacientes con COVID-19 y la persistencia de la infección. METODOS: Se realizó un estudio observacional retrospectivo de pacientes con PCR positiva para SARS-CoV-2 atendidos en las Urgencias de un hospital general. Se recogieron datos sobre sintomatología compatible y patrón radiológico de cada paciente, así como el CT obtenido en la PCR con cada equipo utilizado. El grupo control (G0) incluyó pacientes con una PCR positiva seguida de dos negativas (patrón P-N-N), mientras que el grupo problema (G1) incluyó pacientes con al menos tres PCR positivas consecutivas (patrón P-P-P). Se descartaron las infecciones crónicas, considerando únicamente a pacientes con serología negativa, y solo se incluyeron aquellos cuyas tres PCR estuvieron separadas un mínimo de cinco días y un máximo de veinte. La comparación entre los grupos de estudio se realizó mediante el test t-student para variables cuantitativas y el test de χ2 para variables cualitativas. RESULTADOS: La media del valor CT fue de 30,8 en G0 y 21,5 en G1 (p<0,001). G0 reportó CT superiores a G1, independientemente de la sintomatología, el patrón radiológico o el equipo de PCR utilizado. CONCLUSIONES: El valor CT de la PCR inicial de SARS-CoV-2 podría relacionase con la persistencia de su positividad, independientemente de la sintomatología o el patrón radiológico del paciente. Valores bajos de CT en la primera PCR podrían relacionarse con infecciones persistentes.

Potencial utilidad del CT como marcador de persistencia de PCR positiva en pacientes con COVID-19 / Potential usefulness of CT as a marker of persistence of positive PCR in patients with COVID-19

FUNDAMENTOS: Uno de los problemas asociados al SARS-CoV-2 es su persistencia en el tracto nasofaríngeo. La existencia de marcadores que ayuden a predecir este fenómeno podría ser útil en el manejo del paciente. El objetivo de este trabajo fue determinar la relación entre el valor CT (umbral de ciclo) de la PCR inicial de pacientes con COVID-19 y la persistencia de la infección. MÉTODOS: Se realizó un estudio observacional retrospectivo de pacientes con PCR positiva para SARS-CoV-2 atendidos en las Urgencias de un hospital general. Se recogieron datos sobre sintomatología compatible y patrón radiológico de cada paciente, así como el CT obtenido en la PCR con cada equipo utilizado. El grupo control (G0) incluyó pacientes con una PCR positiva seguida de dos negativas (patrón P-N-N), mientras que el grupo problema (G1) incluyó pacientes con al menos tres PCR positivas consecutivas (patrón P-P-P). Se descartaron las infecciones crónicas, considerando únicamente a pacientes con serología negativa, y solo se incluyeron aquellos cuyas tres PCR estuvieron separadas un mínimo de cinco días y un máximo de veinte. La comparación entre los grupos de estudio se realizó mediante el test t-student para variables cuantitativas y el test de χ2 para variables cualitativas. RESULTADOS: La media del valor CT fue de 30,8 en G0 y 21,5 en G1 (p<0,001). G0 reportó CT superiores a G1, independientemente de la sintomatología, el patrón radiológico o el equipo de PCR utilizado. CONCLUSIONES: El valor CT de la PCR inicial de SARS-CoV-2 podría relacionase con la persistencia de su positividad, independientemente de la sintomatología o el patrón radiológico del paciente. Valores bajos de CT en la primera PCR podrían relacionarse con infecciones persistentes.(AU)

BACKGROUND: One of the problems associated to SARS-CoV-2 was its persistence in nasopharyngeal tract. The existence of markers that help to predict this situation could be useful to management of the patients. The objective of this paper was to determine the relationship between the CT value from the initial PCR of patients with COVID-19 and the persistence of the infection. METHODS: It was performed an observational retrospective study of patients with positive PCR to SARS-CoV-2 attended in emergency department of a general hospital. Data about compatible symptoms, radiological findings and the CT value obtained with each PCR kit were collected. The control group (G0) included patients with a positive PCR followed by two negative PCR results (P-N-N), while problem group (G1) included patients with at least three consecutive positive PCR results (P-P-P). Chronic infections were discarded selecting only patients with negative serology, and only were included those whose PCR were separated by a minimum of five and maximum of twenty days. The comparison between the study groups was carried out using the t-student test for quantitative variables and the χ2 test for qualitative variables. RESULTS: The mean CT value were 30.8 and 21.5 (p<0.001) on G0 and G1, respectively. G0 reported higher CT values than G1, regardless of symptoms, radiological pattern and the PCR kit utilized.(AU)

Diseminación interhospitalaria de Klebsiella pneumoniae ST512 productora de KPC-3. Detección por MALDI-TOF / Interhospital dissemination of KPC-3 producing-Klebsiella pneumoniae ST512. Detection by MALDI-TOF

Introducción/Objetivo: Describir un brote por Klebsiella pneumoniae (KPN) productora de KPC-3 y determinar la eficacia diagnóstica de MALDI-TOF en su detección. Métodos: Estudio retrospectivo de las KPN-KPC-3 aisladas en 2 hospitales de Ciudad Real. Se buscó el pico a 11,109kDa±15 en el espectro proporcionado por MALDI-TOF para KPN. Resultados: Se aislaron 156 cepas de KPN que portaban el gen blaKPC-3, con un único perfil perteneciente al ST512 (31 cepas estudiadas). Hubo un 25% de infectados. Un 84% tuvieron origen nosocomial o relacionado con la asistencia sanitaria. El 93% tenía alguna enfermedad de base (31% de exitus en el primer mes). La detección del pico mostró una sensibilidad del 90% y una especificidad del 100%. Conclusiones: Detectamos la diseminación clonal de una cepa de KPN ST512 productora de KPC-3 en 3 hospitales de Ciudad Real. Además, evidenciamos la rentabilidad de MALDI-TOF en la detección precoz de KPN-KPC.(AU)

Introduction/Objective: To describe an outbreak of KPC-3-producing Klebsiella pneumoniae (KPN) and determine the diagnostic efficacy of MALDI-TOF in its detection. Methods: Retrospective study of the KPC-3-KPN isolated in 2 hospitals in Ciudad Real. The peak at 11,109kDa±15 was sought in the KPN spectra provided by MALDI-TOF. Results: We isolated 156 KPN strains that carried the blaKPC-3 gene, with a unique profile belonging to ST512 (31 strains studied). There was 25% of infected patients, 84% were nosocomial or related to health care and 93% had some underlying disease (31% of exitus in the first month). The detection of the peak showed 90% sensitivity and 100% specificity. Conclusions: We detected the clonal spread of a KPN ST512 strain producing KPC-3 in 3 hospitals in Ciudad Real. In addition, we show the profitability of MALDI-TOF in the early detection of KPC-KPN.

Interhospital dissemination of KPC-3 producing-Klebsiella pneumoniae ST512. Detection by MALDI-TOF. / Diseminación interhospitalaria de Klebsiella pneumoniae ST512 productora de KPC-3. Detección por MALDI-TOF.

INTRODUCTION/OBJECTIVE: To describe an outbreak of KPC-3-producing Klebsiella pneumoniae (KPN) and determine the diagnostic efficacy of MALDI-TOF in its detection. METHODS: Retrospective study of the KPC-3-KPN isolated in 2 hospitals in Ciudad Real. The peak at 11,109kDa±15 was sought in the KPN spectra provided by MALDI-TOF. RESULTS: We isolated 156 KPN strains that carried the blaKPC-3 gene, with a unique profile belonging to ST512 (31 strains studied). There was 25% of infected patients, 84% were nosocomial or related to health care and 93% had some underlying disease (31% of exitus in the first month). The detection of the peak showed 90% sensitivity and 100% specificity. CONCLUSIONS: We detected the clonal spread of a KPN ST512 strain producing KPC-3 in 3 hospitals in Ciudad Real. In addition, we show the profitability of MALDI-TOF in the early detection of KPC-KPN.

Evaluación económica de la implantación del autoanalizador Alfred 60/AST de detección de crecimiento bacteriano con sembrador automático / Economic evaluation of the Alfred 60/AST device implantation for bacterial growth detection with automatic sewing machine

Introducción: En los laboratorios de microbiología se impone cada vez más utilizar sistemas de cribado automatizados para descartar las orinas negativas. Nuestro objetivo fue estimar el umbral presupuestario a partir del cual el autoanalizador Alfred-60/AST sería rentable para nuestro hospital. Material y métodos: Estudio de minimización de costes mediante árboles de decisión, realizado en un Hospital General. Se comparó el coste del urocultivo tradicional con el procesamiento automático mediante Alfred-60/AST. El procesamiento tradicional supone el cultivo manual de todas las orinas recibidas en agar sangre y MacConkey e identificación de todos los microorganismos aislados con el sistema Vitek-2. El autoanalizador sembraría solo las orinas positivas en un medio cromogénico que identificaría directamente los aislamientos de Escherichia coli. Resultados: Las variables con mayor impacto económico en el modelo fueron la probabilidad de obtener un cultivo positivo, la prevalencia de E. coli en los urocultivos y el coste por muestra del sembrador. El análisis de sensibilidad multivariante mostró que el modelo es sólido. El análisis de sensibilidad bivariable mostró que el modelo es sensible a la modificación de los costes, principalmente del sembrador automático. A un valor umbral de 1,40 euros por determinación, el procesamiento automático reduciría los costes anuales en 2.879 euros. Conclusión: La introducción del autoanalizador Alfred-60/AST en nuestro laboratorio a un precio de 1,40 euros por determinación reduciría la carga de trabajo en el procesamiento de orinas, ahorrando tiempo y costes

Introduction: It is becoming increasingly necessary to automatize screening of urine samples to culture at Microbiology laboratories. Our objective was to estimate the budget threshold from which the Alfred 60/AST device would be profitable for our hospital. Material and methods: Cost minimization study by decision trees, carried out in a General Hospital. The cost of traditional urine culture and urine processing using Alfred-60/AST were compared. Traditional processing involves the culture of all urine specimens received onto blood and MacConkey agar, and identification of every microorganism isolated by Vitek-2 system. The autoanalyzer would only inoculate the positive urines onto a chromogenic media, directly identifying the Escherichia coli isolates. Results: The variables with the greatest economic impact in the model were the probability of obtaining a positive culture, the prevalence of E. coli in the urine cultures and the cost per sample using Alfred-60/AST. The multivariate sensitivity analysis showed that the model was solid. The bivariate sensitivity analysis showed that the model is suceptible to cost modification, mainly of the automatic device. At a threshold value of 1.40 euros/determination, the automatic processing would decrease the annual costs in 2,879 euros. Conclusion: The introduction of the Alfred-60/AST device in our laboratory at 1.40 euros/determination would reduce urine processing workload, saving time and costs